Orgelbespelingen voerden hem naar orgels in Nederland, België, Duitsland, Frankrijk, Luxemburg, Oostenrijk, Polen, Tsjechië, Hongarije en Italië. Hierbij wordt hij vaak vergezeld door zijn vaste registrant, Wim Goossens, waardoor bijzonder gevarieerde interpretaties van de orgelliteratuur gegeven kunnen worden.

Hiernaast maakte hij Cd-opnamen en trad hij op voor de radio.

In mei 2000 werkte hij samen met organist Leon van den Brand mee aan een Smits-orgeltocht in het Land van Ravenstein en het Land van Cuijk.

In hetzelfde jaar werd hij uitgenodigd het slotconcert van het orgelfestival in Toruñ (Polen) te geven en in 2001 trad hij in aanwezigheid van Koningin Beatrix op bij de opening van 'Rotterdam, culturele hoofdstad van Europa'.

Naast soloconcerten geeft hij ook optredens met leden van het Nederlands Kamerkoor en leden van het Koninklijk Concertgebouworkest. In 2005 gaf hij op uitnodiging een orgelconcert in Kerkrade voor de Vrienden van het Wereld Muziek Concours. Bij de officiële viering van het 800 jarig bestaan van de Orde van de Franciscanen op 16 april 2009 was hij uitgenodigd te concerteren op het Adema-Philbert orgel van de Mozes en Aäron Kerk in Amsterdam.

Als organist begeleidt Jan vooraanstaande gemengde- en mannenkoren uit Nederland in binnen- en buitenland.

Jan Verschuren volgde in 2001 Folkert Grondsma op als organisttitularis van de Hartebrugkerk in Leiden. Daarnaast is hij eerder in 1998 aangesteld als Universiteitsorganist aan de Universiteit van Leiden. In die laatste hoedanigheid bespeelde hij begin 2005 het beroemde Van Hagerbeerorgel van de Leidse Pieterskerk tijdens de verlening van het eredoctoraat aan Koningin Beatrix.

In 2006 werd hij tevens benoemd tot Universiteitsorganist van de Technische Universiteit Eindhoven.

In April 2002 is Jan Verschuren onderscheiden met de zilveren medaille van de Société Académique des Arts-Sciences-Lettres de Paris als waardering voor het uitdragen van de Franse orgelmuziek.