Het hoofdorgel in de Hartebrugkerk te Leiden werd in 1877 gebouwd door de firma Maarschalkerweerd & Zn uit Utrecht. Het heeft twee manualen en een vrij pedaal. De orgelkas is een zeer fraai karakteristiek meubel in neorenaissance stijl opgetrokken in de verders neoclassicistische Waterstaatkerk die in 2006 fraai gerestaureerd werd. Het snijwerk aan de orgelkas is rijk te noemen. Wellicht is de Utrechtse beeldhouwer F.W. Mengelberg de maker van deze orgelkas, daarnaast kan het Bossche atelier van Goossens als maker in aanmerking komen omdat Maarschalkerweerd in die tijd ook met dit atelier samenwerkte.

Opvallend is dat de labiumlijn van de frontpijpen in de torens op een lijn staat. In 1927 werd het orgel door P.C. Bik uit Leiden uitgebreid op het nevenwerk - manuaal twee - met een Vox Célèste 8’ en werd de Viola di Gamba 8’ vernieuwd. Ook in 1953 werden door Jos Vermeulen veranderingen aan het nevenwerk aangebracht. Door Adema-Schreurs werd begonnen met de restauratie naar de oorspronkelijke staat die in de tachtiger jaren door Flentrop werd voltooid. Dit geldt vooral voor het nevenwerk dat niet meer volgens het oorspronkelijke contract 1874 en het bestek en dispositievoorstel uit 1873 aanwezig was. Tevens is de Ped+NW trede aangebracht. Vanuit de oorspronkelijke dispositie is de Dulciaan 8’ vervangen door een Fagot-Hobo 8’. Het pijpwerk van het hoofdwerk dateert volledig uit 1877. De Cornet V spreekt vanaf c1.

Van het nevenwerk bestaat de Viola di Gamba 8’ (vanaf c-f3), de Salicet 4’, Woudfluit 2’ en Fagot-Hobo 8 uit Maarschalkerweerd materiaal van elders, de rest van het nevenwerk Prestant 8’, Holpijp 8’, Fernfluit 8’ - zwevend gestemd - en Octaaffluit 4’ blijken origineel.