In 1675 werd door toedoen van een gulle gift door Sir Baldwin Hamey de aanschaf van een academieorgel in het Academiegebouw te Leiden mogelijk gemaakt. Omtrent de bouwer en de omvang van dit eerste academieorgel is helaas niets meer bekend. Alleen de resterende bijzondere 17e eeuwse frontdeuren zijn de fraaie overblijfselen van dit eerste instrument. In het begin van de 19e eeuw ten tijde van en op voorspraak van Lector en Kapelmeester Christian Friedrich Ruppe, is dit instrument ten faveure van benodigde ruimte voor het toenmalige orkest in 1829 afgebroken. In 1935 is door orgelbouwer G. van Leeuwen uit Leiderdorp de draad weer opgepakt en is een twee klaviers rein pneumatisch kegelladen-orgel gebouwd en geplaatst in het Academiegebouw. Dit instrument had negen registers met op het Zwelwerk een Cornet II-III en een Cor Anglais 8’. Dit instrument voldeed uiteindelijk niet. Niettemin is het front in 1935 op een verdienstelijke wijze gereconstrueerd naar de toenmalige kennis over de orgelbouw in de 17e eeuw. De orgelkas is thans vervaardigd uit eiken.

In 1995 werd een commissie gevormd met als doel een reconstructie van het mechanisch orgel uit de 17e eeuw in het Groot Auditorium te realiseren. Daarbij is uitgegaan van nieuwbouw te weten een instrument uit de Hollandse school (Van Hagerbeer-Duyschot) passend in het door van Leeuwen nagebouwde 17e eeuwse front waarvan de nog aanwezige frontdeuren de meest aansprekende enig originele getuigen zijn. Het nieuwe nu mechanisch-sleeplade instrument door Flentrop gebouwd, werd in 1998 feestelijk in gebruik genomen. Alle pijpen zijn vervaardigd van orgelmetaal en de mensuren zijn aangepast aan de afmetingen van de luiken en de huidige kennis van de orgelbouw uit de 17e eeuw. Voor een drietal registers is gekozen voor een bas/discant deling , waardoor meer klankmogelijkheden ontstaan. De bas/discant deling ligt tussen c1 en cis1 . Het Flentroporgel heeft een manuaal en een aangehangen pedaal. De registertrekkers, zijn links en rechts van de speeltafel aangebracht. De stemming van het orgel is gelijkzwevend. Toonhoogte a1 = 440 Hz bij een temperatuur van 21 C. Vanwege het te verwachten samenspel met andere instrumenten is gekozen voor deze toonhoogte, derhalve anders dan een 17e eeuwse reconstructie zou verlangen.

Het instrument wordt tijdens academische plechtigheden door de Musici rond het Academieorgel bij toerbeurt bespeeld. Daarnaast maakt het orgel onderdeel uit van universitaire orgelcycli, zoals de inloopconcerten en andere orgelcycli in Leiden.

Dispositie: